因病原不同而异。一般应根据病史和临床表现初步加以判断。进一步确诊需依赖实验室检查。细菌性肠炎可作呕吐物及大便培养，获得病原菌即可确诊。有些病原菌如沙门菌感染可作血培养。病毒性肠炎可用电子显微镜、免疫电镜、免疫荧光及血清学检查如补体结合试验、酶联免疫吸附法及放射免疫法等检查病毒的抗原和抗体。寄生虫性肠炎可直接镜检，寻找病原体及其虫卵。真菌性肠炎可从大便中直接涂片，在显微镜下检查真菌或作大便真菌培养。
 　1.X 线钡剂检查

　　急性期一般不宜作钡剂检查。而特别注意的是重度溃疡性结肠炎在作钡灌肠时，有诱发肠扩张与穿孔的可能性。钡灌肠对本病的诊断和鉴别诊断有重要价值。临床静止期可作钡灌肠检查，以判断近端结肠病变，需排除克隆病者宜再作全消化道钡餐检查，气钡双重对比法更易发现黏膜浅表病变。

　　2.内镜检查

　　临床上多数病变在直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑为全结肠患者，宜行全结肠镜检查。一般不作清洁灌肠，急性期重型者应列为禁忌，以防穿孔。